În muzeul de istorie sunt expuse dovezi ce demonstrează continuitatea şi unitatea poporului român.O atenţie deosebită se acordă mărturiilor privind viaţa românilor în spaţiul carpato-dunărean şi caracterul latin al limbii române.
Muzeul expune obiecte arheologice, mai ales neolitice, descoperite în diferite puncte din apropierea Blajului, cu precădere obiecte din ceramică.Acestea dovedesc prezenţa aici a unei populaţii sedentare de agricultori încă din mileniile VI- II î.e.n., folosite de populaţia autohtonă tracică.
Sunt prezentate de asemenea obiecte dacice aparţinătoare secolelor V-I î.e.n..Interesante sunt şi obiectele descoperite în necropolele scitice şi celtice.Figurează şi un frumos vas scitic de la Crăciunelu de Jos.
Printre exponatele din Dacia Romană(sec.II-III e.n.) se remarcă un altar funerar dedicat lui Iupiter Optimus Maximus, descoperit în aşezarea romană de la Biia.
Poate fi văzută şi vechea tiparniţă de lemn cu care s-a tipărit la Alba Iulia în anul 1648 “Noul Testament”.Ea a fost transferată la Blaj în anul 1747.Timp de o sută de ani , până în anul 1850, de sub teascurile ei au ieşit la iveală o mulţime de cărţi valoroase.Alături de tiparniţa sunt expuse presa anexă, matriţele anexă, matriţele de lemn, xilografiile , precum şi unele dintre primele ediţii ale operelor reprezentanţilor “Şcolii Ardelene”.Cea mai veche carte tipărită la Blaj aflată în patrimoniul muzeului se numeşte “ Straşnic” şi este din anul 1753.Pe lângă alte documente valoroase se numără şi Registrul Tipografiei, în original, cu date şi informaţii referitoare la toate tipăriturile executate.
Tot aici sunt prezentate manuale şcolare vechi, matricole şcolare vechi de peste 200 de ani, certificate şcolare în original, acte ce arată legăturile culturale ale dascălilor blăjeni cu ţările române.
Muzeul păstrează şi armele unui tribun al lui Avram Iancu:sabia, lancea şi puşca cu cremene.
Tot de Muzeul de Istorie ”Augustin Bunea” aparţine şi colecţia de icoane pe lemn care dezvăluie sacramental şi religios o parte a Transilvaniei profunde, cu ritualuri iconografice specifice secolului al XVIII-lea.Cele 40 de icoane pe lemn, aflate în zestrea culturală a Micii Rome, au fost realizate în cele mai importante centre de iconari din ţară.
Crucea lui Avram Iancu a fost transferată în muzeu de pe Dealul Crucii, în anul 2002, a fost conservată şi a intrat într-ul amplu proces de restaurare.Deasemenea la muzeul din Blaj poate fi văzut şi un fragment din Piatra Libertaţii, aflată iniţial pe Cămpia Libertaţii, care a fost aruncată în aer în noiembrie 1908.
